Die SJM versteht sich als Orden in der Tradition des hl. Ignatius. Darum ist ihr die solide philosophische und theologische Ausbildung ihrer zukünftigen Priester ein zentrales Anliegen. Durch das Studium vor der Priesterweihe und durch eine fortlaufende Weiterbildung sollen die Mitglieder der SJM befähigt werden, den Menschen von heute die Schönheit und Stimmigkeit des katholischen Glaubens aufzuzeigen.

Zu diesem Zweck hat P. Hönisch 1997 das Studienhaus St. Petrus Canisius gegründet, das im Schloss Auhof, der österreichischen Hauptniederlassung der SJM, untergebracht ist. Mit Gutheißung des Apostolischen Stuhls nahm dieses kleine Institut im Wintersemester 1997/98 seinen akademischen Lehrbetrieb auf. Die philosophisch-theologische Ausbildung erfolgt gemäß den allgemeinen Normen der Kirche und der Kirchlichen Rahmenordnung für das Studium der Katholischen Fachtheologie in Österreich (2008). Nach acht Semestern im Studienhaus St. Petrus Canisius wechseln die Seminaristen der SJM an die Phil.-Theol. Hochschule Benedikt XVI. Heiligenkreuz und absolvieren dort den zweiten Studienabschnitt. Sie schließen ihr Studium mit dem akademischen Titel des »Magister theologiae« ab.

Ziel des Studiums ist einerseits eine umfassende und fundierte Kenntnis der Hauptgebiete der abendländischen Philosophie und katholischen Theologie, andererseits das Erlernen und Einüben einer selbständigen und wissenschaftlichen Arbeitsweise. Die Priesteramtskandidaten sollen befähigt werden, aktuelle Fragen der Gegenwart und zeitgenössische Strömungen in der Theologie und den Geisteswissenschaften eigenständig auf dem Hintergrund der philosophia perennis und der überlieferten Lehre der Kirche einzuordnen und zu beurteilen. Sie sollen – wie das II. Vatikanum fordert – „lernen, die Lösung der menschlichen Probleme im Lichte der Offenbarung zu suchen, ihre ewige Wahrheit auf die wandelbare Welt menschlicher Dinge anzuwenden und sie in angepasster Weise den Menschen unserer Zeit mitzuteilen“ (OT 16).

Neben dem Studium engagieren sich die meisten Studenten in ihrer Freizeit – an Wochenenden und in den Ferien – in diversen Jugendgruppen: Bei Pfadfindern, Firmlingen oder Ministranten. Auf diese Weise können sie das Gelernte sofort in Katechesen praktisch anwenden und erproben. Gleichzeitig bleibt damit gewährleistet, dass der Kontakt zu den Menschen, denen sie das Evangelium verkünden sollen, in den Jahren der Ausbildung nicht verloren geht.

Darüber hinaus werden einzelne Patres nach der Priesterweihe zur Promotion an internationalen Universitäten freigestellt.

„Zum Bereitwerden für das Priestertum, zum Weg dahin gehört vor allem auch das Studieren.“
Papst Benedikt an die Seminaristen in Freiburg (2011)